Bio-informatique (BIM)

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La plateforme bio-informatique (BIM) a vocation à aider les différents membres du laboratoire sur toutes les taches concernant les traitements d'images ainsi que le traitement de données issues de séquençages haut-débits.

Cette plateforme propose seulement des services internes au laboratoire.

Missions

La plateforme bio informatique (BIM) se divise en deux types de services.

 

Le premier concerne le traitement d’images:

 

 

 

 

Le deuxième concerne le traitement et l’analyse des données issues de séquences haut-débits:

 

 

Les services principaux proposés sont les suivants:

 

  • Réalisation de traitements et d’analyses de données issues de séquences haut-débits concernant des études sur des aspects:
    • Transcriptomiques ( RNA-Seq, single cell RNA-Seq, …)
    • Génomiques (Chip-Seq, HiC-seq, 4C-seq, ATAC-seq …)
    • Epigénétiques (Smrt-seq, RRBS-seq, RREM-seq, …)
    • Phylogénétiques (Etude de l’évolution de famille de gènes)
    • Protéomiques (Prédiction de structure protéique 3D)

 

  • Mise en place de nouvelles solutions et d outils de traitement et d’analyse de données:
    • Développement d’outils spécifiques à la réalisation de traitement et d’analyse (code Python, Java, C++)
    • Ecriture de scripts R génériques pour la réalisation de statistiques et la génération automatique de figures
    • Dépôt des codes sur GitHub du laboratoire.

 

  • Interaction avec les différentes équipes de recherche
    • Diversité de modèles au sein du laboratoire ( Humain, Souris, Drosophile, Arabidopsis, Poulet, C-elegans)
    • Réunions de suivi de projets ( définition des besoins, suivi des réalisations, discussions sur les résultats)
    • Valorisation des résultats pour publication et définition du matériel et méthodes
    • Conseil en choix technologique de séquencage selon les recherches menées

 

  • Formation aux outils informatiques et bio informatiques
    • Initiation commandes bash
    • Formation individuelle à l’utilisation des outils bio informatiques durant la réalisation des projets
    • Mise en place de documents à venir pour aider à l’utilisation des outils bio informatiques

 

  • Mise en place d’une structure bio informatique au sein du laboratoire
    • Développement de la plateforme avec mise en place de ressources et de documentation

Pour les membres du iGReD vous pouvez  trouver un formulaire de prestations ici

 

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Directeurs techniques

Membre

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