La plateforme culture cellulaire est organisé en quatre pièces sur deux étages. Différents lignées cellulaires (transformées ou cellules souches) et tissus (embryons, cultures primaires) provenant de différentes espèces (souris, homme, drosophile) sont cultivés. Des transfections classiques sont effectuées (lipofection, electroporation, infection par lentivirus) en respectant la legislation OGM (accreditation 6318, 9 avril 2013 pour St Jacques). L'autorisation de travail sur echantillon human est en cours.
La plateforme cellule unique se répartit sur deux étages et comprend plusieurs équipements de pointe permettant le contrôle qualité, l'analyse phénotypique, l'isolement, et la caractérisation d'un faible nombre de cellules voire de cellule unique. Il s'agit par exemple de l'isolement et de la caractérisation phénotypique de cellules rares dans un tissu dissocié, de l'isolement de cellules uniques pour des expériences CRISPR, de l'analyse transcriptomique en utilisant les équipements Chromium (10X genomics) ou Rhapsody (BD bioscience) sur cellule unique.
La plateforme cellule unique se répartit sur deux étages et comprend plusieurs équipements de pointe permettant le contrôle qualité, l'analyse phénotypique, l'isolement, et la caractérisation d'un faible nombre de cellules voire de cellule unique. Il s'agit par exemple de l'isolement et de la caractérisation phénotypique de cellules rares dans un tissu dissocié, de l'isolement de cellules uniques pour des expériences CRISPR, de l'analyse transcriptomique en utilisant les équipements Chromium (10X genomics) ou Rhapsody (BD bioscience) sur cellule unique.
Missions
Equipement and expertise :
a) Culture tissulaire et cellulaires (Céline Gonthier Gueret):
- 8 Cell culture hoods
- 10 CO2 incubators
- 4 inverted microscopes (with 2 equipped with fluorescence)
- classical material (centrifuge, waterbaths…)
In the future, one of these rooms will be upgraded towards a BSL3.
b) Equipements pour analyse d’un faible nombre de cellules voire cellule unique (Stéphanie Maupetit-Méhouas, Nicolas Allègre):
Plateforme virtuelle, différents instruments sont disponibles au sein de l’iGReD et sur le campus de Clermont ferrand (Cezeaux)
- 1 FACS Melody (BD Biosciences), isolement de cellule unique (en tube, plaque ou lame)
- 5 ROCHE Light Cyclers (Roche)
- 1 Rhapsody (BD Bioscience), analyse transcriptomique (mRNAseq) sur cellule ou noyau unique
- 1 Chromium (10X genomics), analyse transcriptomique (mRNAseq) et accéssibilité chromatine (ATACseq) sur cellule ou noyau unique.
- 1 TapeStation (Agilent), evaluation de la qualité des ARNs et ADNs
- 1 ATTUNE Cytometer (Life Technologies)
- 2 micromanipulateurs pour microinjection (Eppendorf) (partagé avec la plateforme Transgenese souris – Cézeaux)
