Équipe de recherche

Dynamics and Epigenetic Control of Transposons (DyET)

dna-Axe 1
AccueilÉquipesDynamics and Epigenetic Control of Transposons (DyET)
Les éléments transposables (ET), ces séquences d’ADN capables de se déplacer d'un site chromosomique à un autre, sont des composants majeurs de chaque organisme. A titre d'exemple, ils représentent près de 20% du génome de Drosophila melanogaster et chez l'Homme, la famille des rétrotransposons, ces ET qui se déplacent via un intermédiaire ARN par un processus appelé rétrotransposition, représente à elle seule plus de 40% du génome. De par leur capacité à transposer, les ET représentent une menace constante pour la stabilité des génomes eucaryotes, et des mécanismes de protection limitant leur mobilisation ont été mis en place par les cellules. Néanmoins, les ET ont colonisé les génomes de façon efficace ce qui conduit à penser que d'une part, ils ont la capacité de contourner les mécanismes de défense de l'hôte et de se mobiliser dans les cellules qui assureront leur propagation à la prochaine génération; d'autre part, leur mobilisation apporte un avantage évolutif aux organismes via les variabilités d'expression génique qu'ils peuvent induire et la dynamique génétique qu'ils entrainent.

Financeurs

anr-logo-2021
frm
Logo_ARC_2
image
IMG_7412-2

Recherche

Notre recherche vise à élucider les mécanismes permettant cet équilibre entre répression et mobilisation des ET. Pour cela, nous travaillons sur un organisme modèle Drosophila melanogaster et combinons des approches de génétique, de biologie moléculaire et cellulaire, de transgénèse et d’analyses pan-génomiques.
Notre étude se concentre sur trois axes spécifiques:

  1. Etude des mécanismes de contrôle des ET: Nous étudions les mécanismes moléculaires et les acteurs impliqués dans les multiples voies de défense génomique agissant contre les invasions d’ET. Nous analysons leurs spécificités spatio-temporelles et leur plasticité ainsi que les stratégies mises en œuvre pour que ces contrôles soient transmis à la descendance.
  2. Rôle des régions hétérochromatiques: Nous étudions le rôle génomique des régions hétérochromatiques et en particulier le contrôle qu’elles exercent sur les éléments transposables. Certains loci hétérochromatiques produisant de petits ARNs sont appelés piRNA clusters tel le locus flamenco. Leur analyse détaillée vise à élucider leur structure moléculaire et sa dynamique, leur transcription et son contrôle, leur localisation nucléaire, et leur histoire évolutive.
  3. Impact des éléments transposables sur l’organisation structurale et fonctionnelle du génome: En raison de leurs séquences régulatrices et des modifications de la structure chromatinienne apportées suite à leur insertion, les éléments transposables et leurs loci régulateurs peuvent être considérés comme des forces créatrices qui contribuent directement à la régulation globale du génome. Notre objectif est de comprendre les relations établies entre ces séquences et leurs génomes hôtes.

 

 

 

Membres

Publications

41 publications
2024

The transcription factor Traffic jam orchestrates the somatic piRNA pathway in Drosophila ovaries

Publié le 12 Sep 2024 dans bioRxiv

Alizada A*, Martins A* , Mouniée N* , Rodriguez Suarez JV*, Bertin B , Gueguen N , Mirouse V , Maupetit-Mehouas S , Rivera AJ, Lau NC, Hannon GJ, Czech Nicholson B, Brasset E.

A dual histone code specifies the binding of heterochromatin protein Rhino to a subset of piRNA source loci.

Publié le 11 Jan 2024 dans bioRxiv

Akkouche A , Kneuss E, Bornelöv S, Renaud Y , Eastwood EL, van Lopik J, Gueguen N , Jiang M, Creixell P, Maupetit-Mehouas S , Czech Nicholson B, Brasset E , Hannon GJ

2023

The catalytic-dead Pcif1 regulates gene expression and fertility in Drosophila.

Publié le 01 Mai 2023 dans RNA (New York, N.Y.) , vol. 29 - pp 609-619

Franco G, Taillebourg E, Delfino E, Homolka D, Gueguen N , Brasset E , Pandey RR, Pillai RS, Fauvarque MO

The histone demethylase Kdm3 prevents auto-immune piRNAs production in Drosophila.

Publié le 07 Avr 2023 dans Science advances , vol. 9 - pp eade3872

Casier K, Autaa J, Gueguen N , Delmarre V, Marie PP, Ronsseray S, Carré C, Brasset E , Teysset L, Boivin A

2021

The Class I HDAC Inhibitor, MS-275, Prevents Oxaliplatin-Induced Chronic Neuropathy and Potentiates Its Antiproliferative Activity in Mice.

Publié le 22 Déc 2021 dans International journal of molecular sciences , vol. 23

Lamoine S, Cumenal M, Barriere DA, Pereira V, Fereyrolles M, Prival L, Barbier J, Boudieu L, Brasset E , Bertin B , Renaud Y , Miot-Noirault E, Civiale MA, Balayssac D, Aissouni Y, Eschalier A, Busserolles J

Rhino breaks the deadlock in Drosophila testis.

Publié le 02 Sep 2021 dans PLoS genetics , vol. 17 - pp e1009702

Molla Herman A, Brasset E

2018

Transcriptional and chromatin changes accompanying de novo formation of transgenic piRNA clusters.

Publié le 30 Avr 2018 dans RNA (New York, N.Y.) , vol. 24 - pp 574-584

Akulenko N, Ryazansky S, Morgunova V, Komarov PA, Olovnikov I, Vaury C , Jensen S , Kalmykova A

2015

Increased production of piRNAs from euchromatic clusters and genes in Anopheles gambiae compared with Drosophila melanogaster.

Publié le 27 Nov 2015 dans Epigenetics & chromatin , vol. 8 - pp 50

George P, Jensen S , Pogorelcnik R , Lee J, Xing Y, Brasset E , Vaury C , Sharakhov IV

PIWI Slicing and RNA Elements in Precursors Instruct Directional Primary piRNA Biogenesis.

Publié le 21 Juil 2015 dans Cell reports , vol. 12 - pp 418-28

Homolka D, Pandey RR, Goriaux C , Brasset E , Vaury C , Sachidanandam R, Fauvarque MO, Pillai RS

2014

Microsporidian genomes harbor a diverse array of transposable elements that demonstrate an ancestry of horizontal exchange with metazoans.

Publié le 28 Août 2014 dans Genome biology and evolution , vol. 6 - pp 2289-300

Parisot N, Pelin A, Gasc C, Polonais V, Belkorchia A, Panek J, El Alaoui H, Biron DG, Brasset E , Vaury C , Peyret P, Corradi N, Peyretaillade É, Lerat E

Spatio-temporal requirements for transposable element piRNA-mediated silencing during Drosophila oogenesis.

Publié le 02 Mar 2014 dans Nucleic acids research , vol. 42 - pp 2512-24

Dufourt J , Dennis C , Boivin A, Gueguen N , Théron E, Goriaux C , Pouchin P , Ronsseray S, Brasset E , Vaury C

2013

Distribution, evolution, and diversity of retrotransposons at the flamenco locus reflect the regulatory properties of piRNA clusters.

Publié le 03 Déc 2013 dans Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , vol. 110 - pp 19842-7

Zanni V, Eymery A, Coiffet M, Zytnicki M, Luyten I, Quesneville H, Vaury C , Jensen S

« Dot COM », a nuclear transit center for the primary piRNA pathway in Drosophila.

Publié le 09 Sep 2013 dans PloS one , vol. 8 - pp e72752

Dennis C , Zanni V, Brasset E , Eymery A, Zhang L, Mteirek R , Jensen S , Rong YS, Vaury C

De novo piRNA cluster formation in the Drosophila germ line triggered by transgenes containing a transcribed transposon fragment.

Publié le 30 Juin 2013 dans Nucleic acids research , vol. 41 - pp 5757-68

Olovnikov I, Ryazansky S, Shpiz S, Lavrov S, Abramov Y, Vaury C , Jensen S , Kalmykova A

Epigenetics and transgenerational inheritance.

Publié le 24 Mai 2013 dans Genome biology , vol. 14 - pp 306

Brasset E , Chambeyron S

NucBase, an easy to use read mapper for small RNAs.

Publié le 01 Jan 2013 dans Mobile DNA , vol. 4 - pp 1

Dufourt J , Pouchin P , Peyret P, Brasset E , Vaury C

2011

Polycomb group-dependent, heterochromatin protein 1-independent, chromatin structures silence retrotransposons in somatic tissues outside ovaries.

Publié le 30 Déc 2011 dans DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes , vol. 18 - pp 451-61

Dufourt J , Brasset E , Desset S , Pouchin P , Vaury C

An siRNA pathway prevents transgenerational retrotransposition in plants subjected to stress.

Publié le 07 Avr 2011 dans Nature , vol. 472 - pp 115-9

Ito H, Gaubert H, Bucher E, Mirouze M, Vaillant I , Paszkowski J

2010

Stress-induced activation of heterochromatic transcription.

Publié le 28 Oct 2010 dans PLoS genetics , vol. 6 - pp e1001175

Tittel-Elmer M, Bucher E, Broger L, Mathieu O , Paszkowski J, Vaillant I

MOM1 and Pol-IV/V interactions regulate the intensity and specificity of transcriptional gene silencing.

Publié le 20 Jan 2010 dans The EMBO journal , vol. 29 - pp 340-51

Yokthongwattana C, Bucher E, Caikovski M, Vaillant I , Nicolet J, Mittelsten Scheid O, Paszkowski J

The Idefix enhancer-blocking insulator also harbors barrier activity.

Publié le 15 Jan 2010 dans Gene , vol. 450 - pp 25-31

Brasset E , Hermant C, Jensen S , Vaury C

2009

Genomic environment influences the dynamics of the tirant LTR retrotransposon in Drosophila.

Publié le 30 Mai 2009 dans FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology , vol. 23 - pp 1482-9

Fablet M, Lerat E, Rebollo R, Horard B, Burlet N, Martinez S, Brasset E , Gilson E, Vaury C , Vieira C

2008

Functional characteristics of a highly specific integrase encoded by an LTR-retrotransposon.

Publié le 11 Sep 2008 dans PloS one , vol. 3 - pp e3185

Faye B, Arnaud F, Peyretaillade E, Brasset E , Dastugue B, Vaury C

Domain organization of human chromosomes revealed by mapping of nuclear lamina interactions.

Publié le 12 Juin 2008 dans Nature , vol. 453 - pp 948-51

Guelen L, Pagie L, Brasset E , Meuleman W, Faza MB, Talhout W, Eussen BH, de Klein A, Wessels L, de Laat W, van Steensel B

Hypomethylation and hypermethylation of the tandem repetitive 5S rRNA genes in Arabidopsis.

Publié le 30 Avr 2008 dans The Plant journal : for cell and molecular biology , vol. 54 - pp 299-309

Vaillant I , Tutois S , Jasencakova Z, Douet J, Schubert I, Tourmente S

Maintenance of long-range DNA interactions after inhibition of ongoing RNA polymerase II transcription.

Publié le 20 Fév 2008 dans PloS one , vol. 3 - pp e1661

Palstra RJ, Simonis M, Klous P, Brasset E , Eijkelkamp B, de Laat W

Thèses

2 thèses
2022
Sujet :
Thèse de Marianne Yoth
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Marianne Yoth
Date de soutenance :
30/09/2022
2019
Sujet :
Etude de la biologie des clusters de piARNs chez Drosophila melanogaster en utilisant comme modèle le locus flamenco
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Nolwenn Mouniee
Date de soutenance :
16/07/2019
logo-europe
logo-region-auvergne
logo-cnrs
logo-uca
Inserm_rvb_noir
iGReD
Votre navigateur est obsolète

Pour profiter du site,
merci de mettre à jour votre navigateur