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Dynamique de la chromatine et noyau 3D (CODED)

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AccueilÉquipesDynamique de la chromatine et noyau 3D (CODED)
L’ADN des génomes eucaryotes est organisé avec des protéines histone en chromatine, dont l’unité de base est le nucléosome. L'organisation de la chromatine est au cœur de la régulation épigénétique et affecte l’ensemble des processus fondamentaux impliquant l'ADN, tels que la réplication, la réparation et la transcription. Afin de moduler l'organisation de la chromatine, des changements peuvent survenir au niveau du nucléosome par l'incorporation des variants d'histones ou leurs modifications post-traductionnelles, mais aussi à un niveau d’ordre supérieur en permettant l’interaction de séquences d’ADN distantes le long des chromosomes qui s’organisent en domaines de chromatine.

En utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme organisme modèle, notre équipe étudie comment ces différents aspects de l'organisation de la chromatine se coordonnent pour permettre une réponse transcriptionnelle adéquate au cours du développement ou en réponse aux stimuli environnementaux.

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Recherche

Afin de mieux comprendre la contribution de ces mécanismes épigénétiques dans la régulation transcriptionnelle, nous caractérisons la composition des nucléosomes en variants d’histones. Pour cela, nous étudions le stockage, transport et incorporation des variants d’histone dans la chromatine par des chaperonnes d’histones (Le Goff et al, 2019, Probst, 2022). L’influence de la structure de la chromatine sur la transcription est explorée via l’étude des protéines chromatiniennes à domaine GH1, telles que les histones de liaison H1 et les protéines non-histones de type TRB et GH1-HMGA (Charbonnel et al, 2018, Teano et al, 2022). Enfin, la caractérisation des interactions entre la chromatine, la lamina et l’enveloppe nucléaire nous a conduit à mieux comprendre la relation entre position de la chromatine dans l’espace nucléaire et l’activité transcriptionnelle (Poulet et al, 2017, Mermet et al, 2021).

Nos études utilisent de nombreuses méthodes de biologie moléculaire, de génétique, d’épigénétique et de bio-informatique et s’appuient sur de nouveaux outils de bio-imagerie incluant notamment l’intelligence artificielle pour suivre la dynamique de la chromatine par microscopie confocale (Dubos et al, 2020, 2022, Mougeot et al, 2022).

Notre équipe est composée de deux chercheurs CNRS, d’une ingénieure INSERM, de six enseignant-chercheurs de l’Université Clermont Auvergne et de plusieurs étudiants en master et doctorat. Nos recherches s’intègrent dans les réseaux locaux comme le projet CAP20-25 Centre International de Recherche sur les Agroécosystèmes durables (CIR1) et la mobilité (CIR3), nationaux comme le GDR EPIPLANT, le GDR ADN&G, le GDR IMABIO ou le réseau RtmFM, européens via le réseau doctoral Marie Curie Doctoral Network EpiSeedLink et internationaux via notre implication dans la Society of Experimental Biology (SEB).

Nous sommes fortement impliqués dans la vie de l’Université Clermont Auvergne par notre représentation à l’UFR Biologie et notre contribution à l’enseignement de la génétique en licence de science de la vie, de l’épigénétique en Master de Biologie Santé et en Master de Biologie végétale et en bio-informatique dans le Master de bio-informatique. Nous participons à la diffusion de la culture scientifique par notre participation aux événements de l’association de médiation scientifique Astu’Science.

Membres

Publications

46 publications
2023

Distinct clades of TELOMERE REPEAT BINDING transcriptional regulators interplay to regulate plant development

Publié le 17 Août 2023 dans bioRxiv 2023.08.16.553498

Simon Amiard , Léa Feit , Lauriane Simon , Samuel Le Goff , Loriane Loizeau, Léa Wolff, Falk Butter, Clara Bourbousse, Fredy Barneche, Christophe Tatout , Aline. V. Probst

Histone H1 protects telomeric repeats from H3K27me3 invasion in Arabidopsis

Publié le 28 Juil 2023 dans Cell Reports , vol. 42 - pp 112894

Gianluca Teano, Lorenzo Concia, Léa Wolff, Léopold Carron, Ivona Biocanin, Kateřina Adamusová, Miloslava Fojtová, Michael Bourge, Amira Kramdi, Vincent Colot, Ueli Grossniklaus, Chris Bowler, Célia Baroux, Alessandra Carbone, Aline V Probst , Petra Procházková Schrumpfová, Jiří Fajkus, Simon Amiard , Stefan Grob, Clara Bourbousse, Fredy Barneche

Maintenance and dynamic reprogramming of chromatin organization during development.

Publié le 26 Jan 2023 dans The Plant journal : for cell and molecular biology

Simon L , Probst AV

2022

Image analysis workflows to reveal the spatial organization of cell nuclei and chromosomes.

Publié le 30 Déc 2022 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 13 - pp 277-299

Randall RS, Jourdain C, Nowicka A, Kaduchová K, Kubová M, Ayoub MA, Schubert V, Tatout C , Colas I, Kalyanikrishna, Desset S , Mermet S , Boulaflous-Stevens A, Kubalová I, Mandáková T, Heckmann S, Lysak MA, Panatta M, Santoro R, Schubert D, Pecinka A, Routh D, Baroux C

Histone H1 protects telomeric repeats from H3K27me3 invasion in Arabidopsis

Publié le 06 Déc 2022 dans bioRxiv

Gianluca Teano, Lorenzo Concia, Léa Wolff, Léopold Carron, Ivona Biocanin, Kateřina Adamusová, Miloslava Fojtová, Michael Bourge, Amira Kramdi, Vincent Colot, Ueli Grossniklaus, Chris Bowler, Célia Baroux, Alessandra Carbone, Aline V. Probst , Petra Procházková Schrumpfová, Jiří Fajkus, Simon Amiard , Stefan Grob, Clara Bourbousse, Fredy Barneche

Easing batch image processing from OMERO: a new toolbox for ImageJ.

Publié le 24 Nov 2022 dans F1000Research , vol. 11 - pp 392

Pouchin P , Zoghlami R, Valarcher R , Delannoy M, Carvalho M, Belle C, Mongy M, Desset S , Brau F

Deep learning — promises for 3D nuclear imaging: a guide for biologists.

Publié le 01 Avr 2022 dans Journal of cell science , vol. 135

Mougeot G , Dubos T , Chausse F, Péry E, Graumann K, Tatout C , Evans DE, Desset S

2021

ANCHOR: A Technical Approach to Monitor Single-Copy Locus Localization in Planta.

Publié le 06 Juil 2021 dans Frontiers in plant science , vol. 12 - pp 677849

Meschichi A, Ingouff M, Picart C, Mirouze M, Desset S , Gallardo F, Bystricky K, Picault N, Rosa S, Pontvianne F

Polycomb-dependent differential chromatin compartmentalization determines gene coregulation in Arabidopsis.

Publié le 03 Juin 2021 dans Genome research , vol. 31 - pp 1230-44

Huang Y, Sicar S, Ramirez-Prado JS, Manza-Mianza D, Antunez-Sanchez J, Brik-Chaouche R, Rodriguez-Granados NY, An J, Bergounioux C, Mahfouz MM, Hirt H, Crespi M, Concia L, Barneche F, Amiard S , Probst AV , Gutierrez-Marcos J, Ariel F, Raynaud C, Latrasse D, Benhamed M

The Histone Chaperone HIRA Is a Positive Regulator of Seed Germination.

Publié le 14 Avr 2021 dans International journal of molecular sciences , vol. 22

Layat E , Bourcy M, Cotterell S , Zdzieszyńska J, Desset S , Duc C , Tatout C , Bailly C, Probst AV

2020

Automated 3D bio-imaging analysis of nuclear organization by NucleusJ 2.0.

Publié le 30 Déc 2020 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 11 - pp 315-329

Dubos T , Poulet A , Gonthier-Gueret C, Mougeot G , Vanrobays E , Li Y , Tutois S , Pery E, Chausse F, Probst AV, Tatout C , Desset S

Untangling chromatin interactions.

Publié le 17 Août 2020 dans Journal of experimental botany , vol. 71 - pp 5115-5118

Parry G, Pradillo M, Probst AV , Tatout C

The H3 histone chaperone NASP(SIM3) escorts CenH3 in Arabidopsis.

Publié le 30 Jan 2020 dans The Plant journal : for cell and molecular biology , vol. 101 - pp 71-86

Le Goff S , Keçeli BN, Jeřábková H, Heckmann S, Rutten T, Cotterell S , Schubert V, Roitinger E, Mechtler K, Franklin FCH, Tatout C , Houben A, Geelen D, Probst AV , Lermontova I

2019

Probing the 3D architecture of the plant nucleus with microscopy approaches: challenges and solutions.

Publié le 30 Déc 2019 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 10 - pp 181-212

Dumur T, Duncan S, Graumann K, Desset S , Randall RS, Scheid OM, Prodanov D, Tatout C , Baroux C

2018

Spatial organization of chromosome territories in the interphase nucleus of trisomy 21 cells.

Publié le 30 Juin 2018 dans Chromosoma , vol. 127 - pp 247-259

Kemeny S, Tatout C , Salaun G, Pebrel-Richard C, Goumy C, Ollier N, Maurin E, Pereira B, Vago P, Gouas L

Meeting report – INDEPTH kick-off meeting.

Publié le 25 Juin 2018 dans Journal of cell science , vol. 131

Parry G, Probst AV, Baroux C, Tatout C

The Linker Histone GH1-HMGA1 Is Involved in Telomere Stability and DNA Damage Repair.

Publié le 30 Mai 2018 dans Plant physiology , vol. 177 - pp 311-327

Charbonnel C , Rymarenko O, Da Ines O , Benyahya F, White CI , Butter F, Amiard S

Genetic and epigenetic variation in 5S ribosomal RNA genes reveals genome dynamics in Arabidopsis thaliana.

Publié le 06 Avr 2018 dans Nucleic acids research , vol. 46 - pp 3019-3033

Simon L , Rabanal FA, Dubos T , Oliver C, Lauber D , Poulet A , Vogt A, Mandlbauer A, Le Goff S , Sommer A, Duborjal H, Tatout C , Probst AV

High-Affinity LNA-DNA Mixmer Probes for Detection of Chromosome-Specific Polymorphisms of 5S rDNA Repeats in Arabidopsis thaliana.

Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1675 - pp 481-491

Simon L , Probst AV

Quantitative 3D Analysis of Nuclear Morphology and Heterochromatin Organization from Whole-Mount Plant Tissue Using NucleusJ.

Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1675 - pp 615-632

Desset S , Poulet A , Tatout C

Computational Methods for Studying the Plant Nucleus.

Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1840 - pp 205-219

Poulet A , Zhou X, Tamura K, Meier I, Tatout C , Graumann K, Evans DE

Investigation of Nuclear Periphery Protein Interactions in Plants Using the Membrane Yeast Two-Hybrid (MbY2H) System.

Publié le 01 Jan 2018 dans Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) , vol. 1840 - pp 221-235

Voisin M , Vanrobays E , Tatout C

2017

Arabidopsis ATRX Modulates H3.3 Occupancy and Fine-Tunes Gene Expression.

Publié le 30 Juil 2017 dans The Plant cell , vol. 29 - pp 1773-1793

Duc C , Benoit M , Détourné G , Simon L , Poulet A , Jung M, Veluchamy A, Latrasse D, Le Goff S , Cotterell S , Tatout C , Benhamed M, Probst AV

Exploring the evolution of the proteins of the plant nuclear envelope.

Publié le 02 Jan 2017 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 8 - pp 46-59

Poulet A , Probst AV, Graumann K, Tatout C , Evans D

2016

A novel family of plant nuclear envelope-associated proteins.

Publié le 30 Oct 2016 dans Journal of experimental botany , vol. 67 - pp 5699-5710

Pawar V, Poulet A , Détourné G , Tatout C , Vanrobays E , Evans DE, Graumann K

2015

NucleusJ: an ImageJ plugin for quantifying 3D images of interphase nuclei.

Publié le 01 Avr 2015 dans Bioinformatics (Oxford, England) , vol. 31 - pp 1144-6

Poulet A , Arganda-Carreras I, Legland D, Probst AV, Andrey P, Tatout C

Marker gene tethering by nucleoporins affects gene expression in plants.

Publié le 01 Jan 2015 dans Nucleus (Austin, Tex.) , vol. 6 - pp 471-8

Smith S, Galinha C, Desset S , Tolmie F, Evans D, Tatout C , Graumann K

2014

Characterization of two distinct subfamilies of SUN-domain proteins in Arabidopsis and their interactions with the novel KASH-domain protein AtTIK.

Publié le 30 Déc 2014 dans Journal of experimental botany , vol. 65 - pp 6499-512

Graumann K, Vanrobays E , Tutois S , Probst AV, Evans DE, Tatout C

Evolutionary history of Methyltransferase 1 genes in hexaploid wheat.

Publié le 23 Oct 2014 dans BMC genomics , vol. 15 - pp 922

Thomas M, Pingault L, Poulet A , Duarte J, Throude M, Faure S, Pichon JP, Paux E, Probst AV, Tatout C

The plant LINC complex at the nuclear envelope.

Publié le 30 Juin 2014 dans Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology , vol. 22 - pp 241-52

Tatout C , Evans DE, Vanrobays E , Probst AV, Graumann K

2012

The N-terminal domains of TRF1 and TRF2 regulate their ability to condense telomeric DNA.

Publié le 30 Mar 2012 dans Nucleic acids research , vol. 40 - pp 2566-76

Poulet A , Pisano S, Faivre-Moskalenko C, Pei B, Tauran Y, Haftek-Terreau Z, Brunet F, Le Bihan YV, Ledu MH, Montel F, Hugo N, Amiard S , Argoul F, Chaboud A, Gilson E, Giraud-Panis MJ

2011

Characterization of a cinnamoyl-CoA reductase 1 (CCR1) mutant in maize: effects on lignification, fibre development, and global gene expression.

Publié le 30 Juil 2011 dans Journal of experimental botany , vol. 62 - pp 3837-48

Tamasloukht B, Wong Quai Lam MS, Martinez Y, Tozo K, Barbier O, Jourda C, Jauneau A, Borderies G, Balzergue S, Renou JP, Huguet S, Martinant JP, Tatout C , Lapierre C, Barrière Y, Goffner D, Pichon M

2010

TRF2 and apollo cooperate with topoisomerase 2alpha to protect human telomeres from replicative damage.

Publié le 23 Juil 2010 dans Cell , vol. 142 - pp 230-42

Ye J, Lenain C, Bauwens S, Rizzo A, Saint-Léger A, Poulet A , Benarroch D, Magdinier F, Morere J, Amiard S , Verhoeyen E, Britton S, Calsou P, Salles B, Bizard A, Nadal M, Salvati E, Sabatier L, Wu Y, Biroccio A, Londoño-Vallejo A, Giraud-Panis MJ, Gilson E

Platination of telomeric DNA by cisplatin disrupts recognition by TRF2 and TRF1.

Publié le 30 Juin 2010 dans Journal of biological inorganic chemistry : JBIC : a publication of the Society of Biological Inorganic Chemistry , vol. 15 - pp 641-54

Ourliac-Garnier I, Poulet A , Charif R, Amiard S , Magdinier F, Rezaï K, Gilson E, Giraud-Panis MJ, Bombard S

Identification and mapping of induced chromosomal deletions using sequence polymorphisms.

Publié le 30 Jan 2010 dans BioTechniques , vol. 48 - pp 53-60

Vanrobays E , Jennings BH, Ish-Horowicz D

2009

TRF2 promotes, remodels and protects telomeric Holliday junctions.

Publié le 18 Mar 2009 dans The EMBO journal , vol. 28 - pp 641-51

Poulet A , Buisson R, Faivre-Moskalenko C, Koelblen M, Amiard S , Montel F, Cuesta-Lopez S, Bornet O, Guerlesquin F, Godet T, Moukhtar J, Argoul F, Déclais AC, Lilley DM, Ip SC, West SC, Gilson E, Giraud-Panis MJ

2008

TOR regulates the subcellular distribution of DIM2, a KH domain protein required for cotranscriptional ribosome assembly and pre-40S ribosome export.

Publié le 30 Oct 2008 dans RNA (New York, N.Y.) , vol. 14 - pp 2061-73

Vanrobays E , Leplus A, Osheim YN, Beyer AL, Wacheul L, Lafontaine DL

Hypomethylation and hypermethylation of the tandem repetitive 5S rRNA genes in Arabidopsis.

Publié le 30 Avr 2008 dans The Plant journal : for cell and molecular biology , vol. 54 - pp 299-309

Vaillant I , Tutois S , Jasencakova Z, Douet J, Schubert I, Tourmente S

Thèses

8 thèses
2022
Sujet :
Organisation de la périphérie nucléaire et son influence sur l’expression des gènes chez Arabidopsis thaliana
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Sarah Mermet
Date de soutenance :
02/12/2022
2019
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Gwénaëlle Détourné
Date de soutenance :
29/05/2019
2017
2016
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Lauriane Simon
Date de soutenance :
19/12/2016
2014
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Mélanie Thomas
Date de soutenance :
10/07/2014
Directeur/Directrice de thése :
Réalisé par :
Matthias Benoit
Date de soutenance :
17/10/2014
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